Μετά την άλωση της Κωνσταντινουπόλεως (1453) και την οριστική κατάλυση της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας, ο Μωάμεθ ο κατακτητής όχι μόνο σταμάτησε τις κακοποιήσεις των χριστιανών και έβαλε τάξη στην άλλοτε πρωτεύουσα της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας, άλλα διόρισε Πατριάρχη και έδωσε στους νέους του υπηκόους -τους ραγιάδες- ορισμένα δικαιώματα, τα λεγόμενα προνόμια. Και ως προς τον μεν Πατριάρχη αναζήτησε τον αρχηγό των ανθενωτικών, τον Γεννάδιο Σχολάριο, και αυτόν έκανε τελικά Πατριάρχη, και απέδωσε σε εκείνον τις ίδιες τιμές που απέδιδαν οι αυτοκράτορες του Βυζαντίου κατά την άνοδο στον θρόνο κάθε νέου Πατριάρχη. Ο Μωάμεθ δεν ήταν μόνο καλός στρατηγός, αλλά και καλός πολιτικός. Πρώτα και κύρια τίμησε το πρόσωπο που συντέλεσε στην πτώση της πρωτεύουσας. Ο Γεννάδιος Σχολάριος υπήρξε ο καλύτερος σύμμαχος του Μωάμεθ. Όχι μόνο έσπειρε τη διχόνοια με τα κηρύγματά του, άλλα καλλιέργησε και τον φιλοτουρκισμό. Εξάλλου αυτός, ο Νοταράς και άλλοι ομόφρονές τους, καθώς και πολλοί καλόγεροι, και τα πλήθη της Κωνσταντινούπολης που ήταν εχθροί του Παλαιολόγου και φανατικοί αντίπαλοι της πολιτικής της Ενώσεως των Εκκλησιών, είχαν ανοίξει κάθε πόρτα του Κάστρου και έβαζαν τους Τούρκους μέσα στην πρωτεύουσα, ενώ ο πιστός εις τον Παλαιολόγο στρατός πολεμούσε ακόμη. Επί της ουσίας, ένα μεγάλο τμήμα του πληθυσμού της Κωνσταντινουπόλεως συνθηκολόγησε. Κατά το ισχύον ισλαμικό δίκαιο, οι πόλεις που συνθηκολογούσαν δεν καταστρέφονταν και η παλαιά καθιερωμένη κοινωνική τάξη και διαστρωμάτωση (ιεραρχία) δεν ανατρέπονταν. Αφού λοιπόν η Πόλη, κατά μεγάλο μέρος, συνθηκολόγησε και οι φιλότουρκοι οπαδοί του Σχολάριου κατόρθωσαν να φύγουν ανενόχλητοι από την πρωτεύουσα, ήταν επόμενο ότι δεν διέτρεχαν κανέναν κίνδυνο κατά τις πρώτες ημέρες της αλώσεως. Οι σφαγές έγιναν σε βάρος του πληθυσμού -εκείνου- που ήταν πιστό στον Παλαιολόγο και που φυσικά έκανε την αντίσταση.
Έτσι λοιπόν ο φιλότουρκος Γεννάδιος Σχολάριος έγινε με μεγάλες τιμές Πατριάρχης. Ο Τούρκοι σύμφωνα με το Κοράνι και τον λόγο που έδωσε ο Μωάμεθ ο κατακτητής, δεν πείραξαν ούτε τις ιδιωτικές, ούτε τις κοινοτικές, ούτε τις μοναστηριακές ιδιοκτησίες των μερών που υποτάχθηκαν θεληματικά. Μόνο σε εκείνα τα μέρη που έγινε αντίσταση δημεύθηκαν όλες οι κινητές και ακίνητες περιουσίες των χριστιανών. Γι’ αυτό οι περισσότερες επαρχίες η μία μετά την άλλη και πιο πολύ πριν από το πέσιμο της Πόλης, καλούσαν τους Τούρκους να έρθουν να τις πάρουν. Οι Αγιορείτες μάλιστα καλόγεροι τα είχανε πολύ καλά με τους Τούρκους και όταν έπεσε η Θεσσαλονίκη (1430) κάλεσαν τον Σουλτάνο Μουράτ Β’ να στείλει ανθρώπους να του παραδώσουν το Όρος.
Ο Μωάμεθ παραχώρησε όντως μεγάλα προνόμια στο Πατριαρχείο Κωνσταντινουπόλεως. Έτσι υπό τη μορφή μιας ιδιαίτερης εκκλησιαστικής διοργανώσεως υφίσταντο εντός του τουρκικού κράτους και μια νέα εξουσία, μια παρακυβέρνηση των ραγιάδων, εκπροσωπούμενη από το Πατριαρχείο. Η παραχωρούμενη -μέσω μιας σειράς διαταγμάτων των Σουλτάνων (φερμανίων)- εξουσία στους Μητροπολίτες ήταν μεγάλη, και είχαν συγκεντρώσει σχεδόν όλη (μετά από τους κοτζαμπάσηδες) τη δικαστική εξουσία στα χέρια τους, απονέμοντας αυτοί και μόνο στους ραγιάδες χριστιανούς τη δικαιοσύνη. Και όχι το τουρκικό κράτος. Εκτός των δικαιωμάτων αυτών οι Δεσποτάδες, κατά παραχώρηση του Σουλτάνου, εισέπρατταν και τακτικά ετήσια δικαιώματα από τους ραγιάδες χριστιανούς. Οι προς τους Επισκόπους πληρωμένοι φόροι μεταφράζονταν σε χρήματα και σε διάφορα είδη, όπως ακριβώς συνέβαινε και στη Βυζαντινή εποχή. Τίποτα δεν είχε επί της ουσίας αλλάξει και ως προς την κοινωνική διαστρωμάτωση (τις τάξεις των εκμεταλλευτών και εκμεταλλευόμενων) αλλά και ως προς τον σκοταδιστικό, καταπιεστικό και φοροεισπρακτικό ρόλο της Εκκλησίας. (βλέπε: «Αρχεία Κοινότητας Ύδρας», τόμος 1-3. Και «Πατριαρχικόν γράμμα προς Υδραίους -πρόκειται δια τον διορισμόν του δεσπότου Αμβροσίου ως μητροπολίτου Ύδρας, Αιγίνης και Πόρου», τόμος 2, σελ.63).
Η μεγάλη αγροτική μάζα κατά τα «σκοτεινά» χρόνια (έτσι βολεύει να τα αποκαλούν οι ιστορικοί που τάσσονται με τη «σωστή», την επίσημη πλευρά της ιστορίας – και δεν είναι λίγοι όσοι τούς παπαγαλίζουν και τούς μηρυκάζουν συστηματικά πλέκοντας κατά πως τους βολεύει το εθνικό μας αφήγημα) ξεκληρίστηκε, αφανίστηκε, δυστύχησε, εκφυλίστηκε, ζώντας μέσα σε καλύβες-τρύπες, μαζί με τα ζώα της, που θύμιζαν πρωτόγονη εποχή. Πολιτική τυραννία. Κοινωνική καταπίεση. Οικονομική εκμετάλλευση. Πνευματική σκλαβιά. Αλλά μακριά από την πρωτόγονη καλύβα-τρώγλη και στο καλύτερο μέρος υπήρχε ο πύργος, με τα παράσπιτά του, τα κελάρια τα λαδαριά, τις κρασαποθήκες, τους στάβλους και τα παχνιά. Εκεί έμενε ο αγάς, ο μπέης και με τον καιρό και ο χριστιανός προύχοντας. Γιατί δίπλα στους Τούρκους μεγαλοϊδιοκτήτες σχηματίστηκε και μια άλλη ολιγαρχία εκμεταλλευτών: οι χριστιανοί τσιφλικάδες-προύχοντες. Όταν το 1828 έγινε μια πρόχειρη απογραφή, βρέθηκαν στην Ανατολική Ελλάδα (Ρούμελη) 719.850 εθνικά (δηλαδή πρώην τουρκικά) κτήματα και 1.166.410 ιδιωτικά (χριστιανικά). Στη Δυτική Ελλάδα 176.270 εθνικά (πρώην τουρκικά) και 817.660 ιδιωτικά (χριστιανικά). Και στην Πελοπόννησο 1.241.052 εθνικά (πρώην τουρκικά) και 535.145 ιδιωτικά (χριστιανικά). Τα στοιχεία αυτά δείχνουν πως πριν το 1821 στην καθαυτού «Ελλάδα» το μισό μέρος της γης το εξουσίαζαν οι χριστιανοί γαιοκτήμονες. Και από αυτό πάλι οι μεγάλες ιδιοκτησίες ήταν τα τρία τέταρτα και το ένα τέταρτο ήταν η μικρή ιδιοκτησία.
Έτσι με αυτή την οικονομικο-κοινωνική διαστρωμάτωση εξηγείται γιατί κατά τη διάρκεια του εθνικού αγώνα του 1821 οι χριστιανοί τσιφλικάδες-προύχοντες για κανένα λόγο δεν δέχονταν να υποστούν μείωση των δικαιωμάτων τους -αυτών- και να αναγνωρίσουν τις νέες φιλελεύθερες αντιλήψεις των αρχηγών της Φιλικής Εταιρείας (που ιδρύθηκε το 1814 στην Οδησσό της Ρωσίας). Την ίδια ακριβώς στάση με τους τσιφλικάδες τήρησε και ο κλήρος, τόσο κατά την Επανάσταση, όσο και μετά. Μόλις αναγνωρίστηκε διεθνώς η ανεξαρτησία του απελευθερωμένου τότε τμήματος του υπόδουλου ελληνισμού, το Οικουμενικό Πατριαρχείο αντέταξε πείσμονα άρνηση προκειμένου να αναγνωρίσει την Εκκλησία της Ελλάδος ως ανεξάρτητη και αυτοκέφαλη. Το Πατριαρχείο της Κωνσταντινουπόλεως επέμεινε επί μακρό χρονικό διάστημα στις αντιλήψεις του για την περαιτέρω εξάρτηση της Ελληνικής Εκκλησίας από το Πατριαρχείο και προ πάντων στη μη κατάργηση από την Ελληνική Πολιτεία των φεουδαρχικών προνομίων του κλήρου επί ζητημάτων διοικητικών, ιδιωτικού και δημοσίου δικαίου. (βλέπε: Αλεξ. Βαμβέτσος «Εισαγωγή εις το ελληνικόν και εκκλησιαστικόν δίκαιον», Αθήναι 1911, σ. 121-162).
Οι εκκλησιαστικοί αφορισμοί «έπεφταν βροχή» κατά τον ξεσηκωμό των υποδουλωμένων Ελλήνων, δηλαδή των εξαθλιωμένων, των πεινώντων και διψώντων. Η Ελληνική Επανάσταση καταγγέλθηκε επίσημα από την Εκκλησία ως «Εθνική». Αυτός άλλωστε ήταν και ο πραγματικός της χαρακτήρας μιας και όσες επαναστάσεις ακολούθησαν τη Γαλλική Επανάσταση και από τις οποίες προέκυψαν τα σημερινά Έθνη-κράτη μέσα από τον τεμαχισμό της παρηκμασμένης και καταρρέουσας Οθωμανικής Αυτοκρατορίας, οδήγησαν στην ανάδειξη μιας νέας τάξης, της αστικής, και σε κοινωνικοπολιτικές αλλαγές μετασχηματισμού του κρατικοοικονομικού οργανισμού από φεουδαρχικό σε αστικοεμπορικό. Άλλωστε στα προεπαναστατικά χρόνια η εμπορευματική παραγωγή, οι ανταλλακτικές σχέσεις, η βιοτεχνία και η ναυτιλία γνώρισαν μεγάλη ακμή. Τα τρία νησιά (Ύδρα, Σπέτσες και Ψαρά) που συνέδεσαν το όνομά τους με την ιστορία του απελευθερωτικού αγώνα του 1821, από τα μέσα του 18ου αιώνα έφθασαν σε μεγάλη οικονομική ακμή, εξαιτίας του γεγονότος ότι το εμπορικό ναυτικό της Βενετίας περνούσε τότε μεγάλη κρίση και το γαλλικό εμπορικό ναυτικό βρισκόταν σε αδράνεια λόγω των αγώνων της Γαλλικής Επανάστασης εναντίον της Αγγλίας και των άλλων μοναρχικών κρατών της Ευρώπης που είχαν αποκλείσει και απομονώσει την επαναστατημένη και δημοκρατική τότε Γαλλία.
Από τους πρώτους αφορισμένους από το Πατριαρχείο με το ξέσπασμα της Ελληνικής Επανάστασης υπήρξε ο μέγας των οπλαρχηγών Θεόδωρος Κολοκοτρώνης αλλά και ο Αλέξανδρος Υψηλάντης. Ο Ρήγας Φεραίος κυνηγήθηκε ανελέητα, το Οικουμενικό Πατριαρχείο εξακολουθεί να τον καταδιώκει (βλέπε: «Ο ρόλος του Πατριάρχη Γρηγορίου Ε’» στο βιβλίο «Ο Ρήγας Φεραίος και η Βαλκανική Ομοσπονδία», Γιάννης Κορδάτος, Αθήνα 1974, εκδόσεις «Επικαιρότητα»). Η Εκκλησία -και το επαναλαμβάνουμε- ουδέποτε ευλόγησε τα όπλα του ξεσηκωμένου λαού. Το αντίθετο μάλιστα, πολέμησε τον ξεσηκωμό των υποδουλωμένων Ελλήνων λυσσαλέα και με όσα μέσα διέθετε.
Πολλά από όσα παραθέτει ο γράφοντας παραπάνω και που αφορούν τον «πόλεμο των τάξεων» κατά το ξέσπασμα της Ελληνικής Επανάστασης, είναι μία σύνθεση (υπό τη μορφή περίληψης) αποσπάσματων από το σπουδαίο και τεκμηριωμένο βιβλίο (παραθέτει εκτενή βιβλιογραφία) του Γιάννη Κορδάτου «Η κοινωνική σημασία της Ελληνικής Επανάστασης του 1821» (Έκδοση Βιβλιοπωλείου Πέτρου Καραβάκου, Αθήνα 1946, Δ’ έκδοση). Η πρώτη έκδοση του βιβλίου έγινε το 1924 ξεσηκώνοντας θύελλα αντιδράσεων και ο συγγραφέας υπέστη διώξεις και απειλές, τόσο από τη δικτατορία του Πάγκαλου, όσο και από την Ιερά Σύνοδο. Όχι μόνο δημοσιεύθηκαν λίβελοι εναντίον του Γ. Κορδάτου (ενός πολυγραφότατου μελετητή της ελληνικής ιστορίας, με νομικές σπουδές), αλλά και εκατοντάδες μαθητές αποβλήθηκαν ή τιμωρήθηκαν γιατί διάβασαν το βιβλίο του. Στο Μαράσλειο Διδασκαλείο παύτηκαν οι προοδευτικοί καθηγητές και ενάντια στην Καθηγήτρια Ρόζα Ιμβριώτη οργανώθηκε συκοφαντική σταυροφορία. Το έργο του Γιάννη Κορδάτου επί της ουσίας κατέδειξε ότι η Ελληνική Επανάσταση στρεφόταν κυρίως ενάντια στη φεουδαρχία και την καταπίεση, που εκπρόσωποί της δεν ήταν μόνο οι Τούρκοι πασάδες, αλλά και οι Έλληνες προύχοντες, καθώς και το παρακράτος της Εκκλησίας.