Μετά το τέλος των αγωνιστικών υποχρεώσεων για το πρωτάθλημα της Super League 2, ο Καραϊσκάκης απευθύνθηκε στα αρμόδια δικαιοδοτικά όργανα, λόγω της μη αδειοδότησης της Δόξας Δράμας για την περίοδο που ολοκληρώθηκε. Μάλιστα, λόγω αυτής της κατάστασης και της ένστασης από την ομάδα της Άρτας, η επικύρωση της οριστικής βαθμολογίας του πρωταθλήματος, έγινε στις 25 Μαΐου.
Η διοίκηση του Καραϊσκάκη προσέφυγε στο Διαιτητικό της ΕΠΟ, ούτως ώστε να δικαιωθεί, ενώ σύμφωνα με πληροφορίες υπάρχουν ισχυρές νομικές βάσεις για να επιτευχθεί αυτό. Γίνεται ξεκάθαρο, πως οι άνθρωποι του Καραϊσκάκη δεν θα στηριχθούν στην υπόθεση της αναδιάρθρωσης, καθώς κανείς δεν γνωρίζει την έκβαση του συγκεκριμένου ζητήματος, που είναι πιθανόν να καθυστερήσει, λόγω της ανάγκης να ολοκληρωθούν πρώτα τα πρωταθλήματα Football League και Γ΄ Εθνικής. Από τη στιγμή που υπάρχει το έννομο συμφέρον, η ομάδα της Άρτας θα το προσπαθήσει όσο περισσότερο μπορεί.
Η όσο το δυνατόν πιο γρήγορη τελική έκβαση των υποθέσεων που εκκρεμούν είναι το ζητούμενο, καθώς πρέπει να σχεδιαστεί και η επόμενη μέρα του συλλόγου, η οποία έχει πολλά ανοιχτά ζητήματα. Αρχικά, η κατηγορία που θα αγωνίζεται η ομάδα, θα καθοδηγήσει μία σειρά πραγμάτων. Το πρώτο που θα πρέπει να ξεκαθαριστεί, είναι το ποιος θα αναλάβει την τεχνική ηγεσία, καθώς το συμβόλαιο του Γιάννη Μάγγου είχε διάρκεια έως το τέλος της περιόδου, οπότε θα γίνουν συζητήσεις για την παραμονή του. Σε περίπτωση που δεν παραμείνει, θα πρέπει άμεσα να βρεθεί ο αντικαταστάτης του, ούτως ώστε να προχωρήσει ο αγωνιστικός και μεταγραφικός σχεδιασμός.
Σύμφωνα με τις πρώτες πληροφορίες, η διοίκηση στοχεύει σε 9-10 μεταγραφές, αριθμός που θα προκύψει από τους παίκτες που θα αποκτηθούν, για να αναβαθμίσουν το υπάρχον υλικό, αλλά και για την κάλυψη των κενών από παίκτες, οι οποίοι δεν θα ανανεώσουν τα συμβόλαιά τους.
Ήδη, η ομάδα βρίσκεται σε αναζήτηση βασικού κεντρικού αμυντικού, ο οποίος θα είναι ηγέτης και κολώνα στην άμυνα, μετά την αποχώρηση του βασικού κεντρικού αμυντικού Παντελή Θεολόγου (20 συμμετοχές – 3 γκολ).
Σε περίπτωση που η ομάδα παραμείνει στη Super League 2, είτε μέσω της αναδιάρθρωσης είτε λόγω της υπόθεσης με τη Δράμα, η συντριπτική πλειοψηφία των παικτών θα παραμείνουν, ενώ και οι συζητήσεις ανανεώσεων θα γίνουν σε νέες βάσεις, πολύ πιο ευνοϊκές για τη διατήρηση αρκετών παικτών.